Чем можно объяснить, что некоторые НефАЗы в ТП, также как и этот по внешнему виду почти как с конвеера, а некоторые уже давно и с заваренными маршрутными ящиками, да и вообще страшные?..

Узбеками и русскими. :-)

Да, неплохо выглядит, да и краска заводская, сразу видно.

Мы свои красим редко, синюю полоску внизу и колёса. Кузов целиком красят через 5-6 лет, например, http://fotobus.msk.ru/photo/105962/ и http://fotobus.msk.ru/photo/380056/
Ржавых нету, хотя из-за наших убитых моек, под стеклом стирается краска до металла и идут ржавые подтёки.

Техническое состояние зависит от водителя. Даже в ТП и Питеравто такие водители есть.