А почему на нем символика МТА?
(я помню, что доля была, но не входили же в состав до объединения с Волоколамском?)

Сложно сказать, какие были отношения.
До определенного момента, например, все машины велись в общей базе МТА.
Полагаю, что о доходах и расходах тоже в МТА знали...

Это было дочернее предприятие МТА, как и Лотошино и вроде даже Дубна.

А как вообще так получилось, что Лотошино и Шаховская оказались не просто филиалами, а получили эдакую автономию?

Ведь таких случаев в области довольно мало.

В МС наверно стоит "деревню" развернуть

Дубна с 91 года не относится к МТА.

Еще хочу привести цитату с сайта РАТ-Лотошино:
"Лотошинское автотранспортное предприятие было создано в 1961 г. и осуществляло грузовые перевозки в районе и на межгороде в составе областного объединения «Мособлавтотранс». С 1985 г., по инициативе Министерства автомобильного транспорта РСФСР, в Лотошинском районе был произведен эксперимент по концентрации всех видов автоперевозок в одном транспортном предприятии района и предприятие стало обслуживать все сельскохозяйственные и торговые организации района, а также пассажирские перевозки в районе, на междугородных и межобластных маршрутах, с соответствующем обеспечением предприятия необходимым подвижным составом. Количество подвижного состава в тот период составляло до 260 единиц грузовых, легковых автомобилей и автобусов. В 1993 г. Лотошинское автотранспортное предприятие преобразовалось в акционерное общество «Лотошинский автотранспортник». В декабре 2005 г. ОАО «ЛАТ» на базе предприятия было создано новое - общество с ограниченной ответственностью «РегионАвтоТранс-Лотошино», ООО «РАТ-Лотошино», учредителями которого стали ЗАО «ЛАТ» и управляющая кампания «РегионАвтоТранс»".

У шаховского гаража похожая история реорганизации. Созданное где-то на рубеже 1950-60-х гг. (в 1959 г. пошел первый автобус в Москву) ГАТП просуществовало в форме государственной конторы до августа 1992 г., когда решением Мособлсовета передано в муниципальную собственность, где-то через месяц-другой образовано ЗАО "ШАНС". Кстати, табличка "ГАТП" стояла в центральном окошке маршрутного указателя некоторых скотовозов до их последних дней в 2005-2006 гг. (картинки есть на Фотобусе).
В конце 2001 г. из ЗАО "ШАНС" выделилось ООО "Шаховское ПАТП", которое стало заниматься только пассажирскими перевозками, грузовые остались в ЗАО.
Зима 2002 г., по-моему, выдалась самой плачевной для ПАТП - машины рассыпались на глазах, явно не хватало ГСМ. Имевшиеся для межгорода 3 ЛАЗ-699Р практически не работали, остались только ЛАЗ-4202, который тогда нормально работал только благодаря одному из его водителей (уже не помню фамилии, после его ухода машинка очень быстро развалилась) и хоть и почти новый, но полудохлый ЛиАЗ-5256. Поэтому в Москву пускали деревенские ПАЗики, 2-3 деревенских выхода отменяли. И вот тогда, помнится, ООО примкнуло к МТА, появились сначала О407 и этот ЛАЗ-697, потом О303 и новые машины.
В конце 2004 г. вроде бы опять появилась автономия, с бортов частично пропали надписи МТА. И так продолжалось до июля 2007 г., когда ООО перестало существовать, и все хозяйство перешло к Волоколамскому ПАТП. Однако, в этот период времени продолжились поставки гуманитарной помощи в виде б/у ЛиАЗ-5256 из МТА.