JSC Bashavtotrans

До 12.2008 обслуживал междугородные маршруты:
№932 Уфа - Ярославль
№600Т Уфа Северный АВ - Октябрьский
№593 Уфа - Учалы
№577 Уфа - Караидель
№537 Уфа - Староболтачево
№547 Уфа - Верхние Татышлы
№534 Уфа Северный АВ - Бирск
№548 Уфа Северный АВ - Куеда(2004-2007)

02.2010 составе Уфимского ПАТП №1
2007-2008 №986 Уфа - Пермь
2007-2008 №191/591 Уфа - Кумертау
2007-2011 №583 Уфа - Бакалы
2007-2011 №533 Уфа - Чекмагуш
2008-2011 Иглинский ф-л №201И Иглино - Аустурум - Нижние Лемезы
2007-2012 №597 Уфа Южный АВ - ст.Гастелло - Павловка
2007-2012 №644 Уфа Северный АВ - Благовещенск - Павловка
2009-2013 №973 Уфа - Малояз

Частные автобусы, перешедшие в ГУП "Башавтотранс" после "реформы общественного транспорта" 10-11.2018 г.

№838 Баймак - Мелеуз - Уфа(отменён)
№854 Баймак - Темясово - Серменево - Уфа(отменён)
№832 Баймак - Аскарово - Магнитогорск
№110 Баймак - Уфимска - Акъяр
№107 Баймак - Юлдыбаево - Акъяр
№117 Баймак - Сибай - Туркменево
№164 Баймак - Ишеево
№164 Баймак - Уметбаево

Until 01.12.2013 Kumertau ATP

С 2006-2012 филиал Белорецкого АТП

№ 101 Архангельское - Приуралье
№ 102 Архангельское - Орловка
№ 103 Архангельское - Азово
№ 104 Архангельское - Липовка
№ 104А Архангельское - Александровка
№ 105 Архангельское - Тавакачево
№ 106 Архангельское - Успенка
№ 110 Архангельское - Усаклы
№ 114 Архангельское - Заря

Основано в 1964 году. Обслуживало автобусные маршруты: Новобелокатай - Сатка Новобелокатай - Сулея Новобелокатай - Ункурда Ж/д вокзал Новобелокатай - Златоус Новобелокатай - Верхний Уфалей №605 Новобелокатай - Уфа №1004 Новобелокатай - Екатеринбург №761 Новобелокатай - Куса - Златоус №883 Новобелокатай - Верхний Уфалей С 1964 года имело филиал в селе Емаши. В 2002 году обслуживало маршрут Уфа - Новобелокатай - Емаши - Полевской - Екатеринбург - Тюмень, 2 раза в неделю. В 2007-2008 обслуживало маршрут Новобелокатай - Уфа - Кумертау
С 02.2008 входило в состав Месягутовского АТП В 2018 году филиал прекратил свою работу.
с.Новобелокатай, ул.Советская, д.24

№1005 Емаши - Екатеринбург

В 1964 году создано Емашинское автохозяйство — филиал Месягутовского АТП

№756 Зилаир - Сибай - Магнитогорск(отменён)
№795 Зилаир - Гай - Орск(отменён)
№792 Зилаир - Сибай

1989-1995 - филиал УПОПАТ-4

С 2005 года филиал Дюртюлинского АТП

С 2013 года входит в состав Бирского АТП

№602 Уфа - Адзитарово
Адзитарово - Камраскалы
п.Бельский - Сахаево - Уфа
№572А Прибельский - Уфа
Село Прибельский № 99 Сахарный завод - ЖБЗ
Кармаскалы - Аллайгирово
№253 Кармаскалы - Уфа
№136 Сахаево - Уфа

Кигинский район, село Верхние Киги, ул. Ибрагимова, 15

1982 - 2007 филиал Уфимского ПАТП №4
2007 - ... филиал Автоколонны №6(УАТП-6) Уфимского ПАТП №1
№118 Чишмы - Сайраново
№123 Чишмы - Гумерово
№125 Чишмы - Абраево
№128 Чишмы - Калмашево
№135 Чишмы - Теперишево
№135А Теперищево - Абраево - Чишмы
№137 Чишмы - Алибаево

№809 Шаран - Уфа
№871 Шаран - Казань