Вот никогда не понимал зачем вводить в название маршрута кучу цифр, букв и слов? 205 Жёлтый и 205 Красный; 462 до Рахьи, 462 до Углово, 462Р.... Есть этому логичное объяснение? Почему нельзя сделать, например, 205 и 206; 462, 463 и 464?

Новый номер - это новый маршрут, который нужно соглавовывать с КпТ СПб, проводить конкурсные процедуры по выбору перевозчика. Делать это не очень хочется, поэтому маршруты открывают методом почкования, т.е. изменяя старые и вводя им вариативность трасс.

Конкретно 205 желтый и 205 красный возродились не по этой причине - там просто перевозчику подарили новый маршрут, и на него нацепили номер 205а (который сейчас идёт как "красный")

Именно по этой - вместо открытия нового маршрута в Западное Мурино изменили уже имевшийся 205а.

Изменили - если бы старый стал ходить по новой трассе. А тут было 2 маршрута с 2мя номерами, а стало 3 маршрута с теми же двумя номерами.

Да и автобусы на старом 205а остались старые

Это сути не меняет. "Новый" 205а запущен путём изменения старого. А так как пассажиры старого никуда не исчезли, для них введена вариативность 205 (точнее, возвращена, т.к. она там была ещё до официального открытия 205а).
С 462рахья/462углово/462р та же история. Нужен был маршрут в Щеглово, туда изменили уже имевшийся 462р, а вместо него на 462 ввели вариативность Рахья/Углово.

Тогда бы, наверное, было бы логичнее 462Р сделать до Рахьи (всё же в номере маршрута буква "Р"), а до Щеглово как-нибудь по-другому обозначить), а то путаница какая-то. Видел еще 462 маршрут, на нём было написано "Всеволожская ЦРБ", автобус - ПАЗ-3204. Он, получается, до Углово, или это тоже другой маршрут?

462р изначально и был до Рахьи, отсюда и литера "р" в номере. До Щеглово хотели запустить новый маршрут с номером 420, но он не был согласован городским комитетом (по крайней мере, так писали в ответах на обращения). В итоге выкрутились изменением 462р и 462 и имеем вот такую путаницу с номерами.

"До ЦРБ" это может была машина с 430а с неснятым оформлением. Или наоборот ехал по 430а с остатками оформления 462.