А правильно ли писать 9 маршрут? если он вместо троллейбуса.

Правильно. И он не вместо троллейбуса, а по троллейбусному маршруту работал. Так то вот:P

Может как-то типа 9tr?

Зачем? Самодеятельностью попахивает. Хотя... надо подумать.

9 троллейбусная отличается от 9 автобусной? Если да, то надо. Если нумерация единая - может и не стоит.

Нет, ну это не трудно сделать. Сейчас нету этого автобуса. Списан. И по этой трассе ездят троллики. А то что было то прошло. Сейчас на этом маршруте автобусы ну никак не смогут появится. Не считаю это правильным. Пусть другие коллеги выскажутся.

9 автобус отличается от 9 троллейбуса? В этом суть вопроса, если нет, то останется просто 9, а если да, то тр9 или как-нибудь так

Я считаю что можно написать так: 9 Keskuse-Kopli (троллейбусный маршрут)

на момент фотографии он был автобусным маршрутом? Если да то пускай так и останется.

Автобус принадлежал троллейбусному парку, поэтому работал он на троллейбусных маршрутах. Что то вроде резервной машины.

Маршруты 9 у автобуса и троллейбуса, совершенно разные (собственно как и другие маршруты)

Насчёт варианта как указать, я бы предложил просто написать в примечании, что данный автобус работал только на троллейбусных маршрутах, в качестве резервного или подмены, мало ли ещё появятся фото этой машины и к каждой придётся подписывать, что так то и так то, автобус работал на троллейбусном маршруте номер... потому что....

Щас вместо троллейбусной линии 9 ходит автобусная линия 72.