У него сейчас и на левом борту нет бортового.
Тогда возникает вопрос - может бортовой убирать с профиля в таких случаях или же если нет наклеек бортового на бортах, то это ещё ничего не значит?

Бортовой номер внутри БАТ не меняется, даже в случае передачи в другое предприятие, и тем более он не пропадёт и не изменится, если наклейки смоются с кузова.